机械电子工程专业源于 1984 年，招收机械类全日制本科生；1997 年，在机械设计制造及其自动化专业开设机电一体化方向；2005 年，设立机械电子工程专业；2012 年获批重庆市高校专业综合改革试点专业；2014 年获批重庆市“三特行动计划”特色专业；2015 年获批机械工程重庆市特色学科专业群；2018 年获批重庆市本科高校大数据智能化类特色专业；2019 年获批重庆市一流本科专业立项建设项目；2023 年获批重庆交通大学首批课程思政示范专业。

本专业所属“机械工程”一级学科为重庆市重点学科，拥有载运工具运用工程及智能网联载运系统与运用二级学科博士点，机械工程、低空技术与工程一级学科硕士点。现有“交通机器人设计与智能驱控具身智能重庆市重点实验室”、 “交通工程应用机器人重庆市工程实验室”、 “公共交通装备设计与系统集成重庆市重点实验室”、“城市轨道交通车辆与智能运维重庆市重点实验室”等 6 个省部级科研平台，拥有重庆市“机械类专业人才培养模式创新实验区”和“交通建设与装备创新型人才培养实验区”。